Madagascar : Operation Pingouins sur GBA est un jeu de plates-formes inspiré du long métrage animé avec les animaux complètement barges. Cet épisode est axé sur les personnages les plus frappés du film : les pingouins. Utilisez des gadgets, interagissez avec les protagonistes du film, nagez, faites du parachute... le tout à travers 18 niveaux pingouinesques.