J'ai eu le même problème a l'abri 88 j'avais absolument tout déblayer j'avais une tonne de ressources.
Après avoir fait les quetes je me suis rendu compte en revenant que 90% avait disparu de l'atelier, j'ai donc recharger une save et dès que je me téléporter de l'abri et que je revenais ça disparais instantanément sans aucune raison.
J'ai trouver la solution en craftant un coffre fort de sol et j'ai tout mis dedans et la quand je me suis téléporter et revenu c'était toujours la.
Un peu chiant franchement.
Je me demande si il y a pas un bug du genre certaine colonie se font attaquer et ça ne te préviens pas du tout et tu perd des ressources genre.