U.N. Squadron est un shoot'em up. Le joueur peut incarner au choix l'un des trois pilotes disponibles : Shin Kazama, Micky Schymon ou Greg Gates. Votre mission est de repousser l'ennemi de l'espace aérien de la Zone 88. Le joueur débute avec un F8E Crusader, l'avion le plus faible du jeu, mais au fur et à mesure des missions, il gagnera assez d'argent pour améliorer son équipement.